يستند وثائقي إخوان إيران إلى بحث كتبه المستشرق الإيرلندي الراحل فريدريك هاليداي في عنوان إيران والإخوان علاقات ملتبسة.

ومن هذا البحث، يراجع الفيلم فصول العلاقة ما بين الإخوان والنظام الإيراني قبل الإطاحة بالشاه وبعد تحكم الملالي بمفاصل السلطة. فمنذ تأسيس حسن البنا جماعة الإخوان المسلمين في مصر عام 1928، تقرب رجال الدين في إيران من الجماعة وتأثروا بها لوقت طويل، مما أسفر عن تأسيس البنا جمعية حملت اسم التقارب بين المذاهب الإسلامية، عام 1948، ترأسها شيخ الأزهر محمود شلتوت الذي أفتى بجواز التعبد بالمذهب الشيعي الإثني عشري والسماح بتدريسه في الأزهر.

وقد سبق ذلك زيارة رجل الدين الشيعي الإيراني المتطرف، ومؤسس حركة فدائيان إسلام، نواب صفوي للقاهرة ولقاؤه سيد قطب عام 1945. أثبتت الأيام أن ما حصل، وبحسب عقيدة الإخوان، لم يكن تقاربًا بين مذهبين وإنّما بين مشروعين غاية كل منهما الاستئثار بالسلطة.

غير أن ثمانينيات القرن الفائت كشفت أن لإيران أهدافًا توسعية تتجاوز مصالحها المشتركة مع الإخوان، ونتج منها فتورٌ لم يؤد إلى قطع الأواصر بينهما. فعلى الرغم من إطلاق إيران يد حرسها الثوري، وعملها على زعزعة استقرار البحرين والكويت، وتحريك الحوثيين في اليمن، وإشعال الحدود مع السعودية والإلقاء بثقل حزب الله وميليشيات شيعية في القتال إلى جانب بشار الأسد وتهجير مئات آلاف السوريين من بيوتهم وبلداتهم، تخبطّ الإخوان في مواقف متناقضة تعبّر أحيانًا عن استياء من الدور الإيراني ولكن من دون الوصول إلى حد القطيعة، بل إلى تجديد البيعة لإيران، على نحو مناصرة الحوثيين في مواجهة السعودية عام 2009، والانحياز إلى قطر في أزمتها مع السعودية والإمارات والبحرين ومصر.